在世家大族秉政的两晋时期，如果说西晋时皇权还能够压服地方，中央集权建设有条不紊，那么东晋从建武元年（317年）立国时起，就已经失其权柄。晋室能在江东立足，在内忧外患中延续国祚百余年，堪称奇迹。
自三国时期，荆州就已经被刘表、刘备、孙权等人着意加强，上百年的建设，使得荆州地区在东晋时已是兵精粮足，成为东晋的一级战略区，地区与都城所在的扬州一样。所以，很多东晋权臣都要挂都督荆州诸军事，东晋时期的很多军事叛乱都是从荆州发动的。
可是东晋皇室弱小也有弱小的好处，那就是避免成为众矢之的，那些北方来的士族，像王、谢；南方的土著豪族，像周、沈，不管谁得势，皇帝只是履行盖章的手续。虽然那些权臣权倾一时，可是毕竟不能触犯众怒，东晋公室因为弱小反倒得到了保全。
真正改变这种共生状态的是一场流民大起义。隆安三年（399年）年底，孙恩以“五斗米道”为诱，聚众作乱，他们自海岛出兵，杀掉上虞县令，直攻会稽，斩杀了吴中八郡王凝之等数位地方官，其中包括谢安的两个儿子谢邈和谢冲，势头迅猛。
东晋政府疲于奔命，竭尽全力对付孙恩。东晋北府兵将领刘裕在镇压这场叛乱的几年中，从一个偏将迅速成长，不仅勇猛无畏，还学会了机谋诈术。孙恩当然没有成气候，可是他们在江东腹地横冲直撞，把晋朝皇帝的基本盘给折腾个七零八落，这就给了在荆州方向的野心家桓玄造反的机会了。
桓玄
这个桓玄，是当年东晋最大的权臣桓温的少子。虽然桓温去世时，桓玄才五岁，但凭借着桓家的威势和自己的经营，桓玄在荆州一带逐渐坐稳了荆州刺史的位置。他瞅好时机，在东晋朝廷刚刚平定孙恩起义后，还没有时间休养生息，桓玄不失时机地就发兵建康。
东晋朝廷没有坐以待毙，他们派了北府兵刘牢之去抵抗桓玄，可惜桓玄将刘牢之收买了。这下，东晋朝廷就歇菜了。桓玄进入建康，先把皇帝废了，大臣杀了，广树私恩。在元兴二年（403年）悍然称帝，建立了大楚，史称“桓楚”。
桓玄建国后，非常忌惮北府兵。就把刘牢之明升暗降，夺了他的兵权，并找各种机会分化、瓦解北府兵。刘牢之想再叛变桓玄，可是没有人愿意追随他了，于是他选择了自杀。
刘裕此时正是刘牢之的部将，他积极联络北府兵旧将，得到1700人，以此起兵反对桓玄。当时很多人看不惯桓玄做皇帝。之前大家都是一样的世家，凭什么你家做皇帝？所以，刘裕起兵后，得到了很多资助。桓玄抵挡不住，就逃回了大本营荆州。后来，东晋朝廷组织西讨大军，桓玄战败被杀。
这下，刘裕立下了大功劳。这一年是元兴三年（404年），刘裕42岁，成为了东晋新一代的权臣。与桓玄不同（桓玄兵败时才36岁），刘裕是草根出身，没有家族势力，只是凭借着军队实力。所以，刘裕一开始并没有表现出压制其他世家大族的意思。世家大族对一个草根出身的刘裕也比较放心，都支持他的工作。
刘裕
刘裕此后就开始掌控朝政，学起了曹操。他不断北伐，即是用北伐的名义把全国的军队都集中到自己手里，同时把全国的财政税收，都转向了北伐战场。在这里，刘裕建立了极大的功勋，收获了巨大的政治资本，最后得建宋国，封王，辖地20郡。
在击败后秦，占据关中后，因为在朝廷里的内应刘穆之病死了，刘裕担心朝中生乱，就率军南返，结果关中晋军内讧，白白便宜了赫连勃勃。后来刘裕北望中原，还想再次北伐，却因为身居高位，已经不能轻易出征了。
刘裕从前线返回的原因，就是要代晋自立。刘裕的政治威望已经足够强大了，他的宋国的政府班子也完全能够应付得了东晋朝政。所以，他废杀了晋安帝，立了晋恭帝。没过多久，又把晋恭帝废掉了，自己登基九五，做起了皇帝。
司马德文
晋恭帝被废后，原以为还能活命。刘裕担心司马氏经营江东时间太久，世家大族万一用他们的名义起兵造反，于己不利，于是不顾封建时代“灭人国存其祀”的传统，对晋朝公室大加杀戮，开了南朝血腥屠杀前朝公室的先河。晋恭帝喝下了毒酒，哀叹说：“愿来生不复生在帝王家。”
东晋之所以灭亡，是因为东晋从一开始就没有建立起中央集权的政治制度，甚至东晋政府本身就建立在几个世家大族的共同推举之上的。西晋作为中央朝廷已经崩溃了，东晋朝廷有能有多少实力？那些世家大族为什么要听司马家的？所以，司马睿在立国之初，就学着当初孙权那样，招募了很多本地世家大族的子弟进入幕府，实际上就是与当地的世家大族达成谅解：我承认你们的地位，你们也要尊重我的权柄。
此后东晋皇室一直没有出一个能力出众的人力挽狂澜。北方乱糟糟的天下，使得东晋北伐动作频频，这使得东晋经常出现权倾一世的军阀头子，东晋政治只能实行扬州—荆州二元政治。皇帝不像皇帝，大臣不像大臣。后来的孙恩起义，使得晋朝皇室所依赖的扬州集团的经济实力被毁坏，打破了这种二元政治的格局，桓玄建国，使得晋朝皇室再也没有威信了。刘裕在这场变故中快速成长，最终成了东晋政权的掘墓人。
