焚书坑儒一事将秦始皇和李斯钉在了历史的耻辱柱上，但是焚书坑儒其实并没有烧多少书，烧的大部分都是列国史记、《诗》、《书》、百家之言、像医药、种植这些实用书籍都没烧。而且坑儒也都是一些方士，当时一些方士坑骗秦始皇，说是炼仙丹但是拿着钱跑了，始皇大怒，于是就把京城里460多人的方士全部活埋。
虽然秦始皇的所作所为被后世诟病，但是毁书最厉害的不是秦始皇，而是清朝的乾隆皇帝。因为秦始皇烧的是先秦古书，而乾隆毁的是几千年积攒下来的书，毁书范围、处罚力度远远胜过秦始皇。但是乾隆皇帝可比秦始皇聪明多了，秦始皇是公开焚书而乾隆是打着修书的旗号来毁书。
乾隆三十七年，这一年乾隆正式开始让人采集书籍准备修书。当时乾隆还奖励主动进书者，为的就是让藏书家把自己的藏书奉献出来。在各地政府的大力协助和藏书家们积极响应下，征集书籍的工作格外顺利。从整理图书就开始毁书，先是把一些著作剔除出去，这是第一步。在抄写底本的时候，也有的一些书籍被排除掉。等到最后校订的时候，又有一些地方被删改掉。
虽然最后《四库全书》修撰出来了，但是有数不清的书籍被毁。据不完全统计一共有一万三千六百多卷，焚书总数超过15万册。销毁版本总数170多种，八万多处。对大清不利的书籍基本上全部被毁，而且明朝档案也遭到了销毁，天启、崇祯兵部档案大量焚毁，为研究明末时期带来了许多困扰。明朝的档案大约有1000万份遭到焚毁，大量档案被清朝篡改。
清朝的所作所为无疑是在篡改历史，明朝抗击清军的书籍被删除，吴三桂抗击李自成也被改成清军击走李自成，很多历史都被清朝所抹除或篡改。而且不单是明朝的档案被篡改，涉及到契丹、女真、蒙古、金辽远的书籍也遭到了篡改。而且清朝对入关后的事迹更是大肆美化，《扬州十日记》，《嘉定屠城记略》书籍全部被毁，直到两百多年后在日本找出来。乾隆焚书无疑是一场文化浩劫，著名的历史学家说道：“清人修《四库全书》而古书亡矣！”
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