秦孝公43岁去世，因病逝世；商鞅变法期间，商鞅主要负责法令的制定和实施，秦孝公则要面对来自秦国上下的各方压力，表面上看商鞅更辛苦，实际上秦孝公更劳累。
秦孝公43岁因病去世，当时属于高龄
据民国时期许仕廉《人口论纲要》的分析，战国时期人均寿命大概在30岁左右，秦孝公活到43岁，算是长寿了。通过《资治通鉴》可以发现，大多数国君的寿命都不算长，主要原因还在于医疗条件有限。至于秦孝公，正当壮年早逝，可能有以下几个原因：
战争创伤，留下后遗症。过于操劳，积劳成疾。身染重疾，不治而亡。商鞅负责实施变法，秦孝公须统筹全局
变法是一件大事，会触动到很多人的利益，尤其是老贵族的利益，秦孝公需要时刻面对三个问题：法律的制定是否符合国家实际，遇到大规模的反对该怎么处理，万一失败该怎么收拾烂摊子。稍一不慎，就可能面临身败名裂，乃至国破家亡，秦孝公的压力可想而知。
第一个问题：法律的制定与实施。这方面主要是商鞅负责，但秦孝公要最后把关。商鞅毕竟是外来者，对秦国实际情况不可能非常了解，比方说秦国的历史、民俗风情、贵族的特殊作用等等。政策合理的话，百姓都会称赞；万一出了差错，最终还是要秦孝公来顶缸，谁让你是秦国国君呢？
第二个问题：大规模反对，来自贵族和来自民间的。来自贵族的压力，绝大多数是秦孝公在顶着，虽然不敢明面反对，但私底下暗潮涌动一直存在；战国和现在不同，嬴氏家族能取得国家的最高统治权，最重要的因素还是这些贵族的支持，因此秦孝公需要不停地和这些贵族周旋。任何时代，底层百姓都是国家统治的基础，基础动摇国家就不会稳定，《大秦帝国》里每一次发生大规模的民间纠纷，秦孝公都是殚精竭虑、废寝忘食，就是最直接的表现。
第三个问题：历来变法，都存在失败的变数，而且常以失败居多，作为国君的秦孝公必先考虑万一失败了怎么办。史书上记载不多，《大秦帝国》（电视剧）里很多类似的记载，比如说让子岸驻扎国都附近、老叔留守旧都雍城就有这方面的因素。
变法每深入一步，秦孝公肩上的压力也会相应加大一分，日复一日，最终积劳成疾，英年早逝，悲哉！
