兵部、军机处、内阁，这三个部门的设立时间并不相同。这三个机构最早设立的时间并不相同。兵部起源于魏晋隋唐，内阁设立于明朝，军机处设立于清朝。所以，要对比这三个部门的地位高低、权力大小，只能把分析时间集中在清朝。
先来说说兵部。清朝兵部沿袭明朝制度，设立于皇太极时期，当时清朝实力增加，八旗原有机构无法适应处理日益复杂的事务，皇太极听从汉人大臣意见，设六部及相应官员，当时由诸王贝勒兼领事务。
直到顺治年间，兵部才设立尚书，并停止诸王贝勒兼任部院事务的惯例。作为全国最高军事机构，很长一段时间内，兵部所能处理的职权并不固定。
顺治年间，朝廷还把京城治安的事务交给兵部负责，直到康熙年间，才又把这些事务划归到刑部。而兵部职权也是在不断调整中，到雍正、乾隆以后，才形成定制。在《光绪会典》中记载，兵部“掌中外武职官之政令”“凡除授封荫之典，乘载邮传之制，甄核简练之方，士籍军实之数”。
具体来说，就是兵部掌握全国武将人事调动权力，士兵真实数量，调发兵役、颁布军律，检查物资兵器，进行围猎演习等事务。
从兵部的职权可以看出，这个部门主要执行具体事务，而在决策上，并没有太大发言权。如果按照过去的规例，朝廷决策权在内阁。清朝内阁起源于明朝，雏形来自皇太极时期的内三院。
当时内三院只是皇帝的秘书机构，不在朝廷正式机构范围内，也没有太大权力。顺治时期，才将内三院改为内阁。只是当时并不稳定，直到康熙九年，才正式沿为定制。
按《大清会典》记载，内阁“表率百寮”,“掌议天下之政，宣布丝纶，厘治宪典，总均衡之任。”也就是说，清朝将内阁列为朝廷最高机构，权力范围极广，地位极高。
具体而言，内阁可以提出参考意见，供皇帝选择。对于皇帝的交代下来，允许他们讨论的事情，内阁也可以充分讨论，甚至提出不同意见。而且，内阁还可以草拟诏书，保管皇帝的印信。
对于其他官员提交的题本，内阁可以直接处理，给出意见，由皇帝批阅。对于奏本，则由内阁递交皇帝。而且，内阁还要负责科举监考，以及秋审核定，这两项都是过去朝廷重要事务的一部分。
如果以地位来说，内阁属于正一品部门，而兵部只是从一品部门，级别稍低。以朝廷制度来说，内阁甚至高于军机处。因为军机处并不在朝廷正式官制中，它在名义上一直是临时机构。不过，真正掌握朝廷执政实权的还是军机处。
雍正年间，朝廷为了处理军务设立军机处后，便将这个机构一直保留下来。跟过去的内阁相比，军机处办事效率更高，也更听话，而且还不容易泄密。雍正年间的军机大臣张廷玉，他在办事的时候，从来不对雍正提反对意见。
出现这种变化，主要是因为军机处可以帮助清朝皇帝，更好集中权力。而内阁只是一个按照章程办事的例行机构，兵部作为内阁的下属机构，自然也是执行机构，而不是决策部门。
乾隆说得很直白：“夫宰相之名，自洪武以后时已废而不设，其后设置大学士，我朝亦相沿不改。然其职仅票拟旨，非如古秉均执政之宰相也。”
跟内阁过去的地位相比，军机处只能跪着秉旨办事，地位更低。不过，这三个部门实际常常是互相打通的，并不是分得那么清楚。雍正元年开始，内阁大学士兼任部院事务成为惯例。而内阁大学士又常常入选军机处。
总结而言，兵部、军机处和内阁这三个衙门，从实际地位来讲，兵部权力最小，内阁只是执行日常事务的机构，只有军机处才能处理国家军政事务。从名义地位而言，军机处属于临时机构，兵部属于从一品衙门，内阁属于正一品衙门，地位最高。
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