虽然秦始皇麾下的秦军锐不可挡，但主是以来自自耕农的步兵为主，虽然有一部分骑兵，但不论战马数量还是士兵的骑射能力，肯定不及从小在马背上长大的蒙古游牧民，成吉思汗肯定会经常率蒙古骑兵对秦的边境地区进行骚扰，偶尔可能会深入秦的腹地劫掠，由于蒙古骑兵部队的机动性，常常来无影去无踪，因此虽然秦军会组织骑兵部队反击，但往往很难追上蒙古骑兵，取得战果有限。
但蒙古骑兵想侵吞秦的土地，却是天方夜谭。因为从真实历史中我们得知，为了防御匈奴，秦始皇在与匈奴人交界的边境集中了30万大军进行防御，另外还有修长城的数十万民众，在秦朝如此雄厚的防御力量下，我想即使一代天骄成吉思汗也很难有大的作为，蒙古骑兵除了在某些秦军防守的薄弱地区进行突袭劫掠外，想取得真实历史上蒙古人在对金对夏那样掠夺大片土地人口甚至灭国的战绩基本不可能。
至于原因，我们还是从历史中找答案。
秦始皇统一六国（黄河流域与长江流域都纳入了其领土）外加征服了南方的百越地区（珠江流域），其控制的人口、土地以及国家的整体实力绝非西夏、金这样的地方政权所能比的，面对这样的统一而又强大的农耕政权，哪怕历史上像匈奴一代雄主冒顿在白登围困汉朝30万大军的有利情况下，也没底气说一鼓作气南下灭汉（刘邦时期的汉，并没完全完成统一，珠江流域还处在南越国赵佗的控制下），后来也不过是撤围和亲了事。
同样的情况出现在隋文帝开皇初年，在583年以前北方强大游牧民族政权突厥还未分裂成东西突厥，隋文帝还未征服南方陈朝统一全国之时（589年灭陈），面对只控制了黄河流域、淮河流域以及四川的隋朝，统一而强大的突厥居然都没能力灭隋，甚至还在侵隋战争中被未完成统一的隋朝数次打败，直接导致了突厥的分裂。
总结一下，就是汉人王朝只要是统一王朝，哪怕只统一了黄河流域，内部不发生分裂战争，并且有明君在位，游牧民族再凶悍也对中原汉人王朝构不成威胁。而秦始皇个人以及他治下的秦朝恰恰是样样都符合这个条件的。
所以面对统一天下的秦始皇以及其麾下战无不胜、纪律严明的秦兵，成吉思汗及其麾下的蒙古骑兵无论多么骁勇善战，也只有望洋兴叹、无可奈何的份。当然成吉思汗时期的蒙古，我估计秦朝能防守住就不错了，秦朝恐怕也没能力深入草原进行像汉朝卫霍那样的大规模反攻。秦始皇与成吉思汗会出现谁也无法打败谁的一种平衡共存局面。
另外由于南方强大秦朝的牵制，成吉思汗的对花剌子模等国的西征，绝对不可能像真实历史中长期放开手脚去打，西征能取得的战果会很有限。因为成吉思汗怕自己率蒙古主力西征，秦朝可能会趁机派骑兵深入草原攻击自己老巢。
