司马迁最早对《山海经》的真伪提出了质疑。司马迁认为，张骞考察过黄河，没有什么昆仑、醴泉、瑶池，因此认为《禹本纪》不可信。
对于《山海经》，他没有具体论证考察，只是由此推出《山海经》中的怪物也不可信，所以他不敢言。对于怪物以外的整个《山海经》他并没有否定。
这种说一套做一套的作派是什么原因促成的呢？司马迁《报任安书》说出了他内心的矛盾和恐惧：
身直为闺阁之臣，宁得自引深藏于岩穴邪！故且从俗浮沉，与时俯仰，以通其狂惑。今少卿乃教之以推贤进士，无乃与仆之私心剌谬乎？今虽欲自雕琢，曼辞以自饰，无益，于俗不信，适足取辱耳。要之死日，然后是非乃定。”
司马迁无法回避刘邦建国的政治权术，如斩白蛇起义等，于是他为自己的做法进行了辩护。《史记·封禅书》说：
或曰：“自古以雍州积高，神明之隩，故立畤郊上帝，诸神祠皆聚云。盖黄帝时尝用事，虽晚周亦郊焉。”其语不经见，缙绅者不道。
《山海经》历时已久，难以确定其具体的时代，因此其中涉及的怪物很多也无从查证，因此自然不会写入历史。
而像刘邦家族的感生、龙象之类，明知是权谋编造，也照录不误。至于《诗经》等经典如玄鸟生商、履大人迹之类神话一律收录，连当时刘邦斩白蛇起义之类皆收进去。因此形成了《史记》特殊的形态和矛盾表现，因此不能因为司马迁的质疑蔑视就说其是神话书和妖怪书。
