1593年，努尔哈赤打败了叶赫、哈达、乌拉等九部联军，同时用结盟联姻的手段拉拢乌拉部首领布占泰，努尔哈赤这样做的目的，为了击破海西四部的联合，努尔哈赤自己的侄女嫁给布占泰，自己娶了布占泰的侄女阿巴亥。
1601年，当时12岁的阿巴亥嫁给了43的努尔哈赤，阿巴亥长得非常漂亮，努尔哈赤对她一往情深，由于年龄上的差距，努尔哈赤非常担忧自己百年之后，将阿巴亥托付给谁。后金有收继婚习俗，努尔哈赤就考虑由大贝勒或者二子代善继娶阿巴亥，当代善知道努尔哈赤的想法以后，就对阿巴亥有了爱慕之情。
1620年，小福晋德因泽向努尔哈赤报告，“大福晋多次送饭给大贝勒代善，有的时候一天两三次派人到大贝勒家去，好像商量什么事情”，德因泽说的也是含糊其辞，努尔哈赤就派人去调查，查完以后结果属实，努尔哈赤两年为难，一面自己的大福晋，一面自己的儿子，但是家丑不可外扬，努尔哈赤就以阿巴亥私藏金银的罪名，把阿巴亥逐出宫。
阿巴亥被逐出宫后，大妃的位置就出现了空缺，努尔哈赤后宫的女人都想被封为福晋，便开始献媚，然而努尔哈赤的内心还是忘不了阿巴亥，1621年，努尔哈赤拿下辽阳，拿下辽阳以后，迫不及待的就把阿巴亥召回，立马恢复了大妃的尊荣。1622年冬，努尔哈赤又拿下了广宁城，阿巴亥就把阿巴亥和其他福晋接到广宁，在广宁欢欢喜喜过了一个年。
1626年农历正月，努尔哈赤在宁远城下败给了努尔哈赤，这对努尔哈赤来说是一个沉重的打击，七月的时候，努尔哈赤接受二贝勒阿敏的建议，到清河汤泉去泡温泉疗养，努尔哈赤一生经历了太多的政治风雨，知道自己的时日不多了，但是，努尔哈赤最挂念的就是大妃阿巴亥。在疗养期间，让阿巴亥陪在自己身边。
就在努尔哈赤快要不行的时候，努尔哈赤叮嘱阿巴亥回盛京，好宣布自己的遗命，然而走到离沈阳不远的地方时，努尔哈赤遗憾地离开了这个世界。努尔哈赤归天的消息刚发布，诸贝勒大臣急忙赶来，大家轮番抬着努尔哈赤的棺枢，冲冲忙忙赶了几个小时的路，把努尔哈赤的棺枢安放在沈阳皇宫中。
众贝勒大臣最关心的是老汗王在弥留之际，与大福晋阿巴亥单独相处时，有没有留下遗嘱把皇位传给谁？然而阿巴亥说出了努尔哈赤的遗言“由十四子多尔衮继承汗位，大贝勒代善辅政，待多尔衮成年后，代善归政”。然而阿巴亥话刚说完，贝勒大臣就质疑声不断。他们认为只有阿巴亥一人在身旁，没有其他人作为旁证，空口无凭，遗嘱的真实性有待考证。
这个时候代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极便召开了一次紧急会议，会议商量的结果为，否定阿巴亥的那个多尔衮嗣位的临终遗言。并向阿巴亥以及在场的官员宣布了努尔哈赤的另一份遗言“大福晋阿巴亥丰容靓饰，与老汗王相处二十余年间，早已情好如一人，因此，老汗王走了，把美丽如画的阿巴亥独留在这尘世间，委实割舍不下，所以汗王再三叮嘱：俟吾终，必令殉之”。
阿巴亥怎么也没想到，四大贝勒竟然联手将自己置于死地，作为一个女人，阿巴亥只不过想找个依靠，丈夫去世以后，她只能依靠未成年的儿子，政治斗争历来都是残酷的，毫无人情可言，认凭阿巴亥口舌如莲的辩解，也无法扭转局势的发展。距离努尔哈赤崩逝不到一天的时间，以皇太极为首的诸贝勒传努尔哈赤遗诏，要阿巴亥殉死。
当时阿巴亥36岁，她的三个儿子阿济格22岁，多尔衮15岁，多铎13岁，阿巴亥带着留恋和不舍，自缢殉死，到一个清净温暖的世界和努尔哈赤相依为伴，同时殉葬的还有德因泽，年仅15岁的多尔衮继承汗位的可能，就这样被皇太极剥夺了。多尔衮后来成为清朝顺治帝的摄政王，后来多尔衮死后，顺治帝将多尔衮之母阿巴亥逐出太庙，并追夺一切尊号。
