确切地说，明朝作为一个朝代，是被清朝所取代的，明政权事实上也是被清军彻底摧毁的。
1644年，李自成的大顺军攻占明朝首都北京，崇祯帝自缢，明朝作为一个朝代，至此算是灭亡了。但取代它的并不是所谓的大顺朝，因为大顺政权只局限在北京一隅，且很快就被灭掉了，所以历史也不承认曾经有过一个大顺朝。
只有清朝在继明朝之后，完成了国家统一和政权更替，所以取代明朝的应该是清朝。
而且，真正摧毁明政权的也不是李自成，而是清军。
北京城破后，大量明朝文武官员和士大夫辗转逃到南方，投奔到南明诸政权麾下。当时淮河以南的大部分地区仍在明政权的掌控之下，此外还有另一个国都南京存在，所以南明政权还是有一定实力的。如果搞好了，有可能会成为第二个南朝或南宋。而最终摧毁南明小朝廷的并不是李自成，而是清军。
所以，无论从朝代更迭的意义上来说，还是从政权更迭的角度上来看，明朝都应该是被清朝所取代。
更重要的是，李自成等起义势力之所以能存活下来，很大程度上是因为明朝把大量征集来的军饷都投放了与后金及清政权对峙的辽东战场上了，这才引得军队欠饷，百姓民不聊生，最终导致了大规模的农民起义，明朝也因此而亡。
从这个角度上看，明朝的灭亡，根本上还是因清朝而起。
