五个月以后，秦孝公去世，太子即位。这时，商鞅所依靠的后台倒下了，他的仇人们便开始报复。公子虔等人告发商君将要造反，派出兵吏去逮捕商君，商君逃到秦国的边关，想要住进客店，客店的主人不知他就是商君，说：“商君的法令规定留宿没有证件的客人，客人犯罪，主人要连坐。”商君叹了一口气，悲伤地说：“唉！变法的弊害竟然到了这个地步啊！”
宋代王安石赋诗：“自古驱民在信诚，一言为重百金轻。今人未可非商鞅，商鞅能令政必行。”但是，商鞅采用激进式改革的方式，必然激化变法过程中的各利益矛盾，他的结果就只能是悲剧，以至身遭车裂之酷刑而“秦人不怜”。他只知道用严法来维系统治，却不懂用教化来抓住百姓的思想这一根本，所以商鞅虽是个改革家，但却非一个明智之人。
