这里不谈诸葛亮和司马懿在《三国演义》中的表现，仅从《三国志》、《晋书》等正史典籍中的事迹做一下对比，诸葛亮和司马懿可谓是各有千秋，但是总体上，诸葛亮还是要比司马懿更厉害。
为什么会有诸葛亮比司马懿更厉害的结论，我们可以通过几个方面来对比一下。
定天下的大谋略
刘备“三顾茅庐”之时，诸葛亮在隆中对刘备所讲的“隆中对”，可谓是天下谋略的典范，至今都被津津乐道。诸葛亮的天下大略就是占据荆益，外和孙权，天下有变之时，一路自荆州直向宛洛，而另外一路，直出秦川，天下归附，则汉室可兴，霸业可成。虽然因为关羽失荆州，刘备没能完成复兴大业，却造就了“天下三分”的大势，这是可以影响历史进程的大谋略。
司马懿的天下谋略，也有。关羽、曹仁樊城之战时，关羽降于禁、斩庞德、荆州盗贼纷纷归附，可谓是“威震华夏”。曹操看到关羽势头锋锐，商议是否迁都。而司马懿看出来了孙刘联盟之间的矛盾，向曹操献离间计，对孙权许以江南之地，让孙权偷袭关羽，则樊城之围自解。司马懿的谋略，成功破坏了孙刘联盟，借孙权之手，先后除去了关羽、张飞和刘备三人，成功将蜀汉打成了三国中最弱的一方，同样改变了天下大势。
诸葛亮和司马懿的谋略，很有点战国时期，合纵连横的意味，只是国家少了点。不过，很明显诸葛亮的“隆中对”，要比司马懿的“离间计”更高明，诸葛亮胜一筹。
军事才能及成就
诸葛亮“七擒七纵”，平定南蛮，乃是诸葛亮军事的巅峰。诸葛亮为了实现刘备的遗愿，又进行了五次北伐。
相较而言，诸葛亮北伐，跟司马懿交手两次，虽然局部战斗上诸葛亮多次取胜，但诸葛亮的北伐目标并未能实现。
司马懿很清楚当前状况下，应该采取什么样的战术，而诸葛亮也并未能找到有效的解决办法。不要以诸葛亮的几次局部胜利，就认为诸葛亮比司马懿厉害。在一场局部战争中，是要以最终的胜利为标准的，司马懿固守看似窝囊，但是两次都达到了目的，仅凭司马懿能在忍耐中找到最终取胜的方法这一点，就要比诸葛亮高明。
再加上司马懿的军事成就还有闪击孟达，北定公孙渊。
因此，相对客观的说，诸葛亮的军事才能及成就，相比司马懿而言，要差了一些。
发展生产治理国家
这一点上，诸葛亮取胜，司马懿完败。
在发展生产上，诸葛亮和司马懿都兴修水利，施行屯田，让蜀国和魏国的经济都有了比较大的发展，可以说是不相上下。
但是，诸葛亮曾亲自参与制定了蜀国的基本法律，并且提倡廉洁奉公，勤俭治国。诸葛亮一生经常劝谏刘禅节俭勤政，并且以身作则，严明律例，造就了蜀国的一个廉洁时代。同时，还培养了蒋琬、费祎、董允、姜维等接班人。
而司马懿，除了同样劝谏皇帝节俭，选拔贤能之外，更多的是政治斗争，特别是高平陵之变，处死了大将军曹爽，独揽朝权。这就让司马懿在治国上有了污点，虽然事情上有其不得已之处，但是司马懿的私心却暴露无疑。
所以，治国上，诸葛亮胜司马懿。
思想品格
这一点上，司马懿再次完败。
诸葛亮受刘备托孤之重，虽有帝王之才，却甘心辅佐刘禅，以刘备的兴复汉室为己任，最终“鞠躬尽瘁，死而后已”，就凭这一光辉的品格，已经光耀史册了。
司马懿呢，很早就被曹操看出有“狼顾之相”，虽然是隐忍一生，得到了曹丕、曹睿两代魏帝的信任，终究掩盖不了篡位的野心。
虽然司马懿最终被追封为晋高祖，但是其品格，相较诸葛亮，却逊色不少。所以，诸葛亮再次完胜。
其他方面
文学方面，诸葛亮留下了多篇经典，《前出师表》、《后出师表》、《诫子书》等等；司马懿却鲜有著作遗世。
诸葛亮还会发明创造，木牛、流马、八阵图都是史书中有记载的诸葛亮的发明，而司马懿却是零。
诸葛亮再次胜出。
经过对诸葛亮和司马懿五个大的方面对比，诸葛亮以4:1的比分，综合能力上完胜司马懿。所以，奕天认为，诸葛亮要比司马懿厉害。
