蒙元入主中原，历时百年，黎民百姓苦之。朱元璋崛起于江淮之间，15年间征战天下，驱逐鞑虏，恢复中华，元廷北迁，号为北元。
此后，为在政治上彻底清除蒙元的影响力和威胁，洪武朝前后发动了11次北伐，永乐朝发动了五次大规模的北伐，终于将北元统治机构打散，蒙古各部重新回到了各部封建的分裂时期。
然而，蒙古此时仍具相当实力，而且朱元璋和朱棣对蒙古采取了剿抚并用的策略，对一些久迁内地的蒙古人遇之甚厚，招募为兵勇。在明军中，有不少蒙古兵建制。除此之外，朱元璋的民族政策的开明之处还在于，对与蒙古有仇隙的女真人也一并重用。所以，明朝时虽然对夷狄乱华时期的风土人物矫枉过正，但是并没有进行民族仇杀，明朝初年的民族政策是相当稳健和成熟的。
蒙古人失国后，损失惨重。蒙古高原深处内陆，经济结构单一，只有畜产一途，盐铁茶布油盐等生活必需品都有赖于与内地贸易才能取得。蒙古贵族退往北方草原，原本只是以退为进。到后来发现在铁血战争中成长起来的明军战斗力强悍异常，蒙古人不能卷土重来。这时，苦寒之地，物资短缺的问题就成为了蒙古人能否继续存在下去的生存问题，不得不重视起来。
明初强盛，太祖年间先是收复了沦陷400多年的燕云之地，将蒙古人赶回了老家，随后几次远征彻底捣毁了元廷，使得蒙古分裂。成祖则五次远征一次次打击鞑靼、瓦剌等蒙古各部。而后虽然遭受了土木堡惨败，但大明对蒙战争始终保持着防守优势，可并没有彻底消除蒙古的威胁。
明中期后力量衰弱，明朝廷对于蒙古各部处于全面防御态势。在北方，明朝还建立了一整套防御体系，并以封王、通贡、互市等手段，牵制蒙古诸部。
明朝边防的重点是对付北方蒙古势力的威胁。从洪武初年开始，太祖就着力经营北方，派重臣加以镇守，并且将自己能征善战的儿子分封在北方。
明成祖朱棣更是考虑到蒙古各部的威胁，将国都迁移到北京，开创了“天子守国门，君王死社稷”的统治新思路。
