商鞅变法在历史上是非常重要的一次变法，这次变法是秦国完成大一统的基础，给秦国创立了符合时代发展要求的新制度，推动了秦国经济的发展，在很大程度上推动了秦国完成大一统的兴盛局面，进而壮大了秦国的实力，真正意义上实现了富国强兵。
同时，变法的内容仍然可以影响到几千年以后的王朝，影响力巨大，但是，商鞅变法困于时代的局限性，仍然是有很大的缺陷。
刑罚律令太过严苛，百姓教化教育跟不上
众所周知，商鞅最后是死于自己制定的刑罚律令，车裂而死，死状十分残忍。严苛的律令使得当时任何一个百姓都会收留这个来路不明的人，所以商鞅被抓到只是时间问题了。
而这种严苛的刑罚律令严重破坏了百姓之间的信任，加重了百姓的负担和压迫，给百姓造成了很多的痛苦。这样严苛的刑罚下，百姓教化也跟不上，这是商鞅变法非常大的一个缺陷。
在商鞅的第一次变法中，其中一个重要内容就是颁布并施行魏国
李悝
的《法经》，并且不仅仅是使用《法经》中规定的内容，还进一步增加了连坐法，轻罪用重刑的条例。
这让本来百姓想要安安稳稳地过日子变成了时时刻刻提防着身边人的紧张现状，加重了人际关系的负担，使得百姓之间不够信任，没有信任的生活，过起来都是胆战心惊的。
由于连坐法的施行，很多百姓不仅要担心自己是否会触犯某些条例刑法，还要担心会不会有飞来横祸，因为连坐法的标准很多样，有时候是一个人犯了罪，就会连坐到整个村庄。
如此一来，百姓们人人自危，无心农耕交易，长此以往，也会危害到经济的发展。商鞅变法中严苛的刑罚律令，使得百姓都害怕法律，就会开始遵守法律，用轻罪重刑的方法是能让百姓在一段时间内十分恪守法律。
但是商鞅变法中并没有涉及到教化的方面，仅仅是用残酷的刑罚从外压制百姓，是暴力的，而教化一直都跟不上，不能让百姓从内到外认识到法律的重要性。
仅仅是为了避免处罚而遵守，这样会导致以后刑罚不够如此严酷，很多不被允许的事情又再一次发生，所以这样严苛的刑罚维持的只是短暂的和平，等到刑罚出现漏洞，百姓会再一次出现犯罪情况。
商鞅变法将刑罚律令规定的十分严苛，并且在增加了很多不够人道的连坐法等，严重危害了人与人之间的信任，社会秩序受到影响，另外用严酷刑罚暴力压制下的和平只是暂时性的。
对百姓的教化教育没有跟上，不能让百姓从心底深处认识到法律的重要性，所以一旦刑罚不够严厉的时候，犯罪率还是会上升的，和平还是会被打破的。
重农抑商的政策，阻碍封建商品经济发展
中国一直以来都是一个农耕大国，而真正将这种农耕大国的概念施行的源头就是在战国时期的商鞅变法中，商鞅变法第一次提出了重农抑商的概念，并且这种概念一直影响到几千年后的明清王朝。
虽然在战国时期是比较先进的概念，但是到了明清时期，这种重农抑商的理念严重阻碍了封建商品经济的发展，阻碍了中国经济的飞速发展，让中国最终落后于时代的步伐，也造成了封建中国的衰落，这是商鞅变法的一大重要缺陷。
商鞅变法中支持重农抑商这一概念的内容是奖励耕织，奖励的是一家一户男耕女织的生产，生产的越多，奖励越好，并且在到达一定的耕织数量以后，会给予这个家庭免除徭役的负担。
那个时期，除了战争，徭役是百姓们最不喜欢的事物，因而这样就可以大大地提高百姓对于农耕纺织的积极性，在当时做到了促进小农经济的发展，发展了农业生产。
但是这种将百姓全都禁锢到土地上的政策，就会僵化了百姓的思维，使得应该在商品经济发展的时期，例如明清两朝，大部分百姓是接受不了这种急剧的变化的，接受不了就难以推进商品经济，因而会阻碍商品经济的发展。
而商品经济得不到发展，在经济上，中国就会比西方国家落后一大截，就会造成整个中国的落后。重农抑商的政策从封建社会的开始一直发展到封建社会的崩溃。
虽然重农抑商在战国时期是非常正确的选择，但是困于时代的局限性，再加上了商鞅变法的力度非常大，将这种思想深深地印在了百姓的脑海中，经过几千年的积淀，要想改变这种想法是非常不容易的，因此这也是商鞅变法非常大的一个缺陷。
变法与旧制度划分不清，改革不够彻底，商鞅变法的基础是建立于旧制度上的改革，所以变法内容与旧制度并不能完全割裂开来，就会造成变法不够彻底，改革不够完整，与旧制度纠缠的变法是商鞅变法的一个巨大缺陷。
其中非常明显的一条就是变法内容中规定按爵位等级占有数额不同的土地和奴隶，这与商鞅变法的初衷是截然相反的，本意是要让土地自由买卖，而这种占有就破坏了土地的自由买卖，变法内容相互冲突，变法本身就存在很大的缺陷，改革不够彻底。
其次是公开承认奴隶的合法性，这是作为时代中的一个变法的局限性，这种公开承认努奴隶合法与变法要求不符，作用也只能是消极的。
商鞅变法是基于时代的局限性上发展的，这意味着它并不能完全与旧制度割裂开来，不能完全割裂，就意味着这次变法是不彻底的，不能完全将变法的作用发挥出来。
变法直接打击贵族势力，容易造成社会动荡，商鞅变法的两次内容中都涉及到了贵族的利益，而在春秋战国时期，这些贵族的利益就是最大的，并且贵族势力是非常广泛且顽固的。
而商鞅在变法中并没有考虑到直接消解贵族势力和利益之后的后果，就直接这样实施了，全然不顾结果的惨烈，这是商鞅变法非常大的一个缺陷。
商鞅变法第一次的内容中是直接废除世卿世禄制，意味着贵族的官位不能再继续传给子孙，就像是煮熟的鸭子最后却飞了，任谁也不能忍下这口气，尤其是在商鞅变法之前势力已经非常强大的贵族。
贵族上书进谏，反驳这样的措施，并且嫉恨上了商鞅，虽然在执行过程中，还是存在一些执行不彻底的情况，以至于有些贵族还是可以继续世袭，这也对商鞅变法产生了一些阻碍。
另外，在这次变法中，还提出了以军功多少来分配十二爵位，这样就让一些下层人民转换到上层，而爵位的数量是固定的，就那么多，下层人上来了，就意味着贵族也就要下去了。
这样严重危害了贵族的利益，而根基很深的贵族在抵抗这种危害中，就会动摇社会统治的根基，社会秩序就会有所不稳定，进而危害到政权的统治。
商鞅变法的第二次内容中是废除了贵族的"井田制"，这就意味着贵族拥有的土地没有了或者减少了，而土地是贵族金钱来源的一个重要渠道，贵族可以通过土地收租，可以收到农作产物。
而商鞅变法将这种贵族赚取金钱的渠道给封闭了，更是会直接触动到贵族的利益，贵族本身就对世卿世禄制的废除感到非常的不满，再加上，商鞅变法如此堵塞他们的财路，反抗是必然的。
而贵族的大肆反抗就造成了社会的动乱，动摇了社会的根基，就会造成社会秩序就不稳定了，社会不稳定了，变法就持续不下去，恶性循环就没办法解决了。
商鞅变法中有关贵族的变法内容，虽然初心是非常正确的，但是商鞅并没有考虑到执行过程中，会出现很多的问题，毕竟这是一个非常大的贵族势力，直接削弱会造成贵族的不满，进而引起社会动荡，危害国家的统治。
商鞅变法的功大于过，但仍然存在很多弊端。韩非作为法家的代表人物，虽然可以认同用法律规范百姓的行为，但是并不赞同这样严苛的刑罚，这样严苛的刑罚严重损毁了百姓之间的信任，并且没有同等价值观的教化。
百姓只是在暴力压制下不越轨，一旦高压政策没有后，就会反弹，就会再次出现违法犯罪行为，这是一大缺陷。另一缺陷是影响了中国几千年的重农抑商政策，小农经济一直占据主导地位，阻碍了商品经济的发展，使得中国开始落后于世界。
另外，变法直接打击了贵族的势力和利益，引起贵族的十分不满，反抗就出现了，而且是根基非常深厚的贵族开始反抗就会造成社会动荡，再加上，商鞅变法的内容是与旧制度割裂不开的，改革是不彻底，不完整的，这些缺陷导致改革有些失败。
